La alta selectividad es un componente clave para que un análisis cuantitativo de muestras biológicas resulte exitoso. Los requisitos de sensibilidad y rendimiento en estas pruebas son cada vez más elevados, lo que desafía constantemente el desarrollo de métodos. Una de las dificultades más comunes es la presencia de interferencias de la matriz, que deben eliminarse ajustando las condiciones HPLC o bien modificando la preparación de las muestras. Estas interferencias pueden presentarse como picos cromatográficos no resueltos, o en la forma de una elevada línea de base. En algunos casos incluso se requiere una separación de isómeros. Si no se puede resolver el problema en la línea de base, los límites de cuantificación y el rango dinámico se ven comprometidos. Resolver una interferencia difícil puede requerir un proceso cromatográfico más lento o una limpieza de la muestra más complicada e intensiva. También se retrasa la revisión de los datos si la integración de los picos debe ser ajustada manualmente muestra por muestra.

Se llevaron a cabo avances significativos para incrementar la selectividad en MS/MS más allá del estándar MRM. Por ejemplo, MRM3 en el sistema QTRAP® 5500 añade selectividad aumentando el número de pasos de la fragmentación. La movilidad iónica presenta opción atractiva al introducir una selectividad adicional durante la introducción de la muestra al espectrómetro, luego de la ionización a presión atmosférica. Sin embargo, aunque las técnicas basadas en la movilidad iónica se utilizan por extenso en aplicaciones cualitativas, nunca han podido ofrecer la velocidad y la robustez necesarias para los análisis cuantitativos de muestras biológicas. La tecnología SelexION™ desarrollada por AB SCIEX, junto con el sistema QTRAP® 5500, acerca la potencialidad de la separación por movilidad iónica diferencial a los análisis biológicos complejos, gracias a los múltiples avances en movilidad iónica.