Los instrumentos LC-MS/MS que operan con Monitoreo de Reacciones Múltiples (MRM) suelen ser aplicados a cuantificaciones singularizadas, tanto en sistemas de triple cuadrupolo comunes como en sistemas híbridos con trampa de iones lineal (QTRAP®), debido a su reconocida selectividad y sensibilidad. En modo MRM, el primer cuadrupolo (Q1) filtra un ión precursor específico; luego la celda de colisión (Q2) genera fragmentos (iones producto); y por último estos fragmentos se filtran en el tercer cuadrupolo (Q3). Aunque este proceso de doble filtrado reduce significativamente el ruido de fondo, siempre existe la posibilidad de que elevados niveles de fondo o de señales de la matriz interfieran con el analito buscado.

Una forma de mejorar los resultados cuantitativos consiste en utilizar un modo de detección más selectivo como el MRM3. Al operar un sistema QTRAP® en este modo, el Q1 filtra el primer ión precursor, y luego el Q2 genera los iones producto que son atrapados en el Q3, funcionando como trampa de iones lineal. Luego esta trampa aísla el segundo ión precursor y produce la segunda generación de iones producto, que son barridos hacia el detector. Comparado con el MRM, el modo MRM3 ofrece una mayor selectividad ya que realiza un paso más en la fragmentación.

El novedoso sistema QTRAP® 5500 utiliza la moderna trampa Linear Accelerator™, diseñada para reducir el tiempo de fragmentación y aumentar la eficiencia de excitación MS/MS/MS, alcanzando niveles totalmente nuevos de desempeño MRM3. Esto sumado a la gran sensibilidad del espectrómetro de masas y a un barrido veloz de hasta 20.000 Da/s, permite realizar un MRM3 con límites de detección más bajos y ciclos más cortos que las generaciones anteriores de sistemas QTRAP®.